Riaditeľ úradu riadi a organizuje prácu úradu v súlade so zákonmi a všeobecne záväznými právnymi predpismi. Za svoju činnosť zodpovedá predsedovi. Priamo riadi a kontroluje svojich zástupcov, vedúcich odborov a zamestnancov. V prípade neprítomnosti riaditeľa úradu zabezpečujú kontinuálny chod jej zástupcovia. Ide najmä o chod finančných operácií, korešpondenciu medzi úradom a organizáciami v zriaďovateľskej pôsobnosti KSK. Zvolávajú porady a organizujú plnenie úloh, ktoré vyžadujú spoluprácu viacerých odborov, dohliadajú na výkon činností odborov, koordinujú ich a organizujú v prípade mimoriadne odborne a časovo náročných úloh so zvláštnym dôrazom na odbory regionálneho rozvoja, školstva a zdravotníctva.