Hlavný kontrolór riadi útvar kontroly a je zamestnancom samosprávneho kraja. Na obdobie šiestich rokov ho volí a odvoláva zastupiteľstvo. Hlavný kontrolór kontroluje zákonnosť, účinnosť, hospodárnosť a efektívnosť pri hospodárení a nakladaní s majetkom a majetkovými právami samosprávneho kraja, ako aj s majetkom, ktorý samosprávny kraj užíva podľa osobitných predpisov. Kontroluje príjmy a výdavky samosprávneho kraja, kontroluje vybavovanie sťažností a petícií, kontroluje dodržiavanie všeobecne záväzných právnych predpisov vrátane nariadení samosprávneho kraja, kontroluje plnenie uznesení zastupiteľstva, dodržiavania interných predpisov samosprávneho kraja a plnenie ďalších úloh ustanovených osobitnými predpismi. Vypracúva odborné stanoviská k návrhu rozpočtu a k návrhu záverečného účtu samosprávneho kraja. Spolupracuje so štátnymi orgánmi vo veciach kontroly hospodárenia s prostriedkami pridelenými samosprávnemu kraju zo štátneho rozpočtu alebo zo štrukturálnych fondov Európskej únie. Je povinný vykonať kontrolu, ak ho o to požiada zastupiteľstvo.